Crkva je građena na prijelazu iz 15. u 16. stoljeće u kasnogotičkom slogu. Barokizirana je tijekom 17. i 18. stoljeća. Ubraja se među najveće gotičke sakralne građevine u sjevernoj Hrvatskoj.
Gradnja samostana počela je u 16. stoljeću, a dovršena je 1748. godina. Franjevci su, u strahu od Turaka, napustili samostan 1544. godine i u njega se vraćaju 1639. godine. U međuvremenu je samostan služio kao vojarna Vojne Krajine.

U Drugom svjetskom ratu crkva je teško oštećena, ostala je bez krova i nakon toga dugo vremena bila izložena propadanju. Krajem '80-ih godina 20. stoljeća počela je obnova crkve koja još traje. Od inventara sačuvane su gotovo sve slike i kipovi koji se čuvaju u riznici i pinakoteki novog franjevačkog samostana i župe.

U sklopu sakristije župne crkve, na dva kata, od 1994. godine izloženi su predmeti koji pripadaju samostanu i župi. Izloženi su barokni drveni polikromirani kipovi svetaca visoke vrijednosti i slike s religijskim motivima, također uglavnom barokne. Tu je i srebrno i pozlaćeno barokno crkveno suđe, kao što su kaleži, kadionice, pokaznice...

 Izloženo je i nešto crkvenog ruha. Knjižnica sadrži oko 5000 naslova nastalih od 15. do 20. stoljeća. Ima knjiga s područja medicine, ljekarništva, teologije, filozofije i lingvistike. Tri su inkunabule. Računa se da ima oko 150 raritetnih knjiga na hrvatskom i više stotina na slovenskom, latinskom i njemačkom jeziku.

Za vrijeme Austrije 1817. godine učinjena je katastarska izmjera za područje Hrvatske i Slavonije. Zvonik crkve Sv. Ivana Krstitelja u Kloštru Ivaniću je ishodišna točka za tu izmjeru. Izabran je zvonik jer se, zbog visine od 69 metara, vidio iz mnogih susjednih točaka te je mogao poslužiti kao izvrsno polazište trigonometrijske mreže.

Info: Župni ured, tel. 01/2831 400